Seit dem Jahre 1294 befindet sich in Merl ein Minoritenkloster. Nach der Überlieferung hatten die Sponheimer an dieser Stelle ein Jagdschloß stehen, das sie den Minoriten vermachten, die es um 1290 in ein Kloster mit Kirche umbauten. Der Dachstuhl hier ist heute einer der ältesten noch im Ursprung erhaltenen Dachstühle Deutschlands. Eine Parallele findet sich auf der Insel Reichenau aus dem Jahre 1235. Datiert wird das Merler Dormitorium, durch vier Holzproben nachgewiesen, auf 1293/4. Umbauten erfolgten in den Jahren 1325, zu Beginn des 15 Jahrhunderts und 1726. Dabei blieb das Dachwerk bis heute unverändert erhalten.
Die Klosterbrüder unterhielten hier bis zur Aufhebung in der Franzosenzeit eine vielbesuchte fünfklassige Lateinschule und erfreuten sich, wie dies aus den zahlreichen Stiftungen hervorgeht, der Gunst des Adels im Zeller Raum. Diese Lateinschule war seit dem hohen Mittelalter bis 1804 eine wichtige Pflanzstätte christlich-humanistischen Geistes an der Mosel. Bedeutende Beamte der Landesherrschaft, Äbte, Kanzelredner und Professoren haben hier ihre grundlegende Ausbildung erfahren. So besuchten diese Schule z.B. der spätere Weihbischof Nikolaus Schinnen, der 1490 in Zell geboren ist, und der spätere Ehrendomherr Johann Adam Schneck, 1755 in Zell geboren. Letzterer war hier 50 Jahre Kaplan, Pastor und Dechant, dessen Portrait heute noch im Zeller Pfarrhaus hängt. Ein weiterer bedeutender Schüler war Michael Waldecker v. Kaimt, im Jahre 1455 in Kaimt geboren. Er wurde später kurfürstlicher Haushofmeister und nahm 1504 in Vertretung des Erzbischofs die Huldigung der im Erzbistum lebenden Untertanen entgegen. Seine Tochter Franziska wurde eine der bedeutendsten Äbtissinnen im Benediktinerkloster St. Irminen in Trier. Immerhin 19 Personen können nachgewiesen werden, die hier im Minoritenkloster in Merl die Lateinschule besucht und später eine höhere Stellung erworben haben.
Im Innern der Kirche zieht der Hochaltar die Blicke auf sich. In einer Urkunde vom 24. August 1481 ist er als Stiftung des Abts von Springiersbach erwähnt. Der geschnitzte Aufbau stammt aber erst aus der Zeit um 1525 und ist ein prachtvolles und sorgfältig durchgeführtes Beispiel der Antwerpener Schnitzaltäre. Im Aufbau und in den einzelnen Figuren und Gruppen ist er eng verwandt mit den Altären in Münstermaifeld und Klausen. Der Altarschrein aus Eichenholz besteht aus einer fünfteiligen Predella, die in vier seitlichen Feldern die Geburt Christi, die Beschneidung, die Opferung im Tempel und die Anbetung der Heiligen Drei Könige zeigt. In der Mitte ist König David dargestellt, aus dessen Brust der Stammbaum Christi erwächst, der nach oben weitergeführt in seinen Ranken den Tod Marias und den Kreuzestod Christi aufweist.